Scribble at 2022-03-31 18:47:00 Last modified: 2022-04-01 07:43:33
With the arrival of genomics and genome sequencing projects, biology has been transformed into an incredibly data-rich science. The vast amount of information generated has made computational analysis critical and has increased demand for skilled bioinformaticians. Designed for biologists without previous programming experience, this textbook provides a hands-on introduction to Unix, Perl and other tools used in sequence bioinformatics. Relevant biological topics are used throughout the book and are combined with practical bioinformatics examples, leading students through the process from biological problem to computational solution. All of the Perl scripts, sequence and database files used in the book are available for download at the accompanying website, allowing the reader to easily follow each example using their own computer. Programming examples are kept at an introductory level, avoiding complex mathematics that students often find daunting. The book demonstrates that even simple programs can provide powerful solutions to many complex bioinformatics problems.
500円という破格の値段で売っていたため（キャンセルで在庫となったか）、前からシステム生物学やバイオインフォマティクスには少し関心があったので、テキストということで手に入れた。そういや、オライリーからも本書と同じく Perl を使ったバイオインフォマティクスの本が出ていたのを20年くらい前に日本橋のジョーシン・テクノランドで見かけた記憶がある。その頃に買って読んであれこれと試してみていたら、もしかすると Perl を専門に扱う技術者となっていたのかもしれない（もちろん、その当時は Perl でプログラミングしていた）。
しかし、今となっては Perl 6 を覚える意欲もない。どう考えても Python の知識をアップデートする方が有意義というものだ。ちなみにウェブ・アプリケーションのまともなレベルの技術者というものは、2000年代の初めだと Perl, Python, PHP という "triple P's" を読み書きするのが当たり前だった。もちろんだが「3P」とは言わない。それから "triple P's" はマイナーな表現ではある。なぜなら、その当時の〈更にまともな〉技術者というのは、これらに加えて C と Java を使えるのが当たり前だったからだ。
なお、本書は本文に特徴のある字形を使ったセリフ書体を使っている。文字を読み取るときに微妙な歪みというか心の中で何かを補正しながら見ているような違和感を覚えるし、書体がアルカイックな印象を押し出していて、やや不適切な印象を覚えた。洋書の場合は扉や書誌情報のページに装丁者や装丁に使われている図版の情報、それからたまに本文に使われている書体が記載されていたりするのだが、本書で使われている書体はなんだろう。